在現世，死神朽木露琪亞突然闖進了黑崎一護的臥室，緊接著一隻虛攻擊了一護的家人，一護和露琪亞一起投入了消滅虛的戰鬥中。露琪亞在戰鬥中受傷並無法行動，她只得把死神的靈力給一護，讓他變成一位死神。結果她發現，一護的靈力非常強大，並且有著比大多數死神的刀都要大的斬魄刀，隨後一護消滅了虛。
第二天，露琪亞竟以一個轉校生的身份出現在一護的班上。原來一護把她的能力完全吸收走，而她必須附身於義骸裡等待恢復（但在後面的故事中才發現她所進入的義骸是有人專門為她設計的）。在這之間，一護必須接手死神的任務，成為代理死神，消滅在空座町（他所居住的地區）一帶出沒的虛。
這之後一護也不斷的接受消滅虛的任務，直到有一天露琪亞「轉讓死神能力」之罪被屍魂界發現。一護與前來現世追捕露琪亞的阿散井戀次決鬥並佔優勢之時，卻被露琪亞的大哥朽木白哉一擊打倒。露琪亞被強制送返屍魂界，為了救出露琪亞，一護接受浦原商店店主浦原喜助的特訓，並和井上織姬、石田雨龍、茶渡泰虎一同前往屍魂界。
然而不知為何露琪亞的處刑日期在一再的被提前，一場陰謀在瀞靈廷里蓄謀著。在花火師志波空鶴的幫助下，一護等人潛入了瀞靈廷內。而不久，護廷十三番隊五番隊隊長藍染惣右介被殺害，看了藍染隊長的遺書同隊副隊長雛森桃確信兇手為十番隊隊長日番谷冬獅郎。另一方面，接連打敗了阿散井戀次、更木劍八的一護在露琪亞所在的懺罪宮前遇上了朽木白哉。為了打敗白哉，一護不得不隨四楓院夜一——這位前隱秘機動隊與刑軍總團長、與朽木家並列四大貴族的四楓院家前家主——開始卍解的修行。
但是露琪亞的處刑卻再次被提前。在雙殛，露琪亞被處刑前的一刻被一護救出。實力大增的一護立刻將幾名副隊長擊倒。同時圍繞處刑露琪亞的是非護廷十三番隊的隊長之間也展開了一場較量。一護同朽木白哉於雙殛頂再次一決雌雄（勝）。另一方面，背負著殺藍染隊長罪名的日番谷冬獅郎認定市丸銀為兇手，與副隊長松本亂菊一起追查真相。來到屍魂界最高司法機關中央四十六室時卻發現46賢哲全部遇害。這一系列陰謀的指使者卻令人意外地，是大家認為已經被殺害了的藍染隊長。
藍染的直接目的是取得被前·12番隊隊長·浦原喜助無意中開發出來、具有瞬間突破死神與虛的臨界狀態功用的「崩玉」——為了隱藏這個危險的東西而植入露琪亞的魂魄里的情報被藍染取得，於是他夥同三番隊隊長·市丸銀與九番隊隊長·東仙要毀滅中央四十六室，從而假傳命令處刑露琪亞，導演了這一幕幕的激斗。藍染具體目的未明，據他本人說法是要與大虛合作，企圖改變世界吧。最終崩玉被藍染奪走，而藍染連同自己的同黨，市丸銀、東仙要在大虛的幫助下逃脫去了虛圈。
戰後滿目瘡痍的雙殛頂：治療工作有條不紊地進行著。平靜的黃昏下，朽木白哉向露琪亞道出了埋藏50年的記憶和柔情，關於朽木緋真，關於領養的原因，關於對規則的固執，關於誓約。而後，一護接過十三番隊隊長浮竹十四郎遞過來的代理死神證，回到現世正式開始代理死神工作。由於崩玉與人類魂魄融合過後需要三個月來覺醒，[[尸魂界]]下達了「冬季決戰」的通告，並派遣日番谷小隊（包括十番正副隊長、十一番三席斑目一角、五席綾瀨川弓親等熟面孔）到達現世——一護所在的空座町，嚴密監控虛圈的任何異動。
同時，藍染在虛圈的強大破面部隊——十刃也陸續登場。出現在空座的NO.4烏爾奇奧拉·西法與NO.10牙密(實際上他是NO.0十刃)出手打傷了織姬茶渡等人；一護發覺自己體內的虛越來越強大，正在憂慮時，一位名為平子真子的人轉學入一護班，後在戰鬥中稱「一護是我的夥伴」——他們是假面軍團：與破面相對，死神帶上虛的面具而擁有更高等級的力量。一護最終進入假面們的基地內學習如何控制自己的虛化。與此同時，由烏爾奇奧拉帶回虛圈的情報，藍染對織姬的力量產生興趣，而N0.6 葛利姆喬·賈卡捷克私下帶了一隊破面闖入空座與一護等人發生衝突，露琪亞的斬魄刀·袖白雪（TV第一次）始解，粉碎了一隻NO.16破面，但隨即被葛利姆喬重傷。一護也不敵NO.6。同時與日番谷等人正面衝突的破面軍被卍解後的一角、以及「限定解除」後的各隊長副隊長消滅。
葛利姆喬被趕往現世的東仙要強制帶回虛圈，藍染默認授意下，東仙斬下葛利姆喬的左手並粉碎，將之於10刃中除名。
尸魂界調查了藍染之前的行動，發現他的又一個驚人目的：製作「王鍵」，進入靈王和王族的異空間（也許就是要抹殺掉）——而製作王鍵所需的有著10萬魂魄的重靈地正是目前的戰場「空座町」。此時織姬決定盡自己的力量幫助一護，但是卻被浦原喜助告知「不必參戰」，正心灰意冷時由露琪亞邀請去尸魂界一同修行。而此時的藍染派出了干擾分隊：以新·NO.6 露比為首的破面奇襲了日番谷小隊，葛利姆喬則重傷了一護，由平子真子阻攔了下來——而此行真正的目標人物井上織姬則被烏爾奇奧拉堵截在了斷界，並被脅迫在12小時內選擇一個人告別後到虛圈來。
被烏爾奇奧拉隱藏了靈壓和氣息的織姬，出現在昏睡的一護的房間，治療並表白後離開。織姬留書出走引起了山本總隊長的警覺，判定她是背叛者；一護堅持是另有隱情，但尸魂界拒不提供幫助，並派朽木白哉和更木劍八強制帶回了戀次和露琪亞等人，一護決定一個人去虛圈營救織姬。感覺到織姬不見了的龍貴大聲質問一護到底隱瞞了什麼卻被一護拒絕回答。終於，石田雨龍在尸魂界對涅一戰中喪失掉的滅卻師力量在父親龍弦的訓導下恢復了，茶渡也由阿散井特訓提升了實力，三人於浦原商店集合前往虛圈。
進入虛圈的各位遇到了小女孩破面妮露一行。在打敗白砂之守時，露琪亞和戀次也趕到了。五人在岔路口不得不分開行動，妮露卻感動於一護的屢次救助，執意要跟隨。露琪亞遇見了十刃NO.9 亞羅尼洛·艾魯魯耶利——以被他吞噬的海燕的形象妄圖誘惑露琪亞殺自己的夥伴，被露琪亞識破。經過一番惡戰露琪亞勝，卻只剩下一口氣在……而雨龍戀次等也分別遭遇強敵並惡戰，茶渡生死未卜。此時十刃已經出動了NO.8 薩爾阿波羅·古蘭茲對戰雨龍和戀次，以壓倒性優勢重傷雨龍。
一護先被烏爾奇奧拉打敗，但卻由被葛利姆喬私自帶出來的織姬治療，隨後與葛利姆喬激戰並打敗了葛利姆喬，不過一護也只此耗盡體力,不能再使用虛化；強敵又到：NO.5 諾伊特拉正要對一護動手時，妮露居然由孩子變成了一個女人：她竟然是前·十刃·NO.3號的妮莉艾露·杜·歐德修凡克！諾伊特拉是她手下敗將，因不滿居於她之下而設計將她逐出虛夜宮多年，妮露的「兄弟」（也就是她的從屬官）把她好好保護了起來才沒有被發現……然而妮露的解放狀態（謳歌吧，羚騎士）卻沒能支持到徹底打倒諾伊特拉，局勢發生戲劇性逆轉！正當此時，一護面前居然出現了本不該出現在這裏的人——更木劍八！
另一邊，雨龍等面前出現的是涅，茶渡那邊是卯之花隊正副隊長，而正要對露琪亞下殺手這裏的NO.7佐馬利·魯路面前的，正是朽木白哉！NO.7對於白哉不願透露姓名的高傲表示「同情」，白哉卻稱「你的等級與我根本不在同一層次上」。隨後魯魯「愛（支配）」能力發動，控制了白哉的左腳、左手——白哉當機立斷斬斷了手腳筋！而此時被支配了腦的露琪亞攻擊前來為她治療的花太郎，並欲「自刎」，白哉丟下千本櫻同時一個「六杖光牢」鎖住露琪亞的行動，從容發動了卍解「吭景·千本櫻景嚴」……
然而，魯路防禦過這個刃陣；想再次對白哉用「愛」卻被縛道之八十一「斷空」完全防禦了；魯路偷襲未果陣腳大亂，大呼「藍染大人萬歲」數句後被消滅。虎澈勇音被命令來此幫助。涅被No.8壓制住——這是涅作出的假象：之前對雨龍一戰早已在其身上種了監視細菌的涅，當然也看到了No.8的能力，於是來虛圈之前已將身上內臟、腱帶全換成了假的。No.8妄圖用音無威脅涅，卻促使涅用出了卍解。
在四位進入虛圈的隊長殺掉幾個雜兵之後，藍染帶領1-3號十刃前往現世，留下第四號十刃留守虛圈。黑崎一護則決定衝進虛夜宮與其決戰，虛圈篇就此暫停，故事進入追憶番外篇講述百年前假面軍團仍在擔任隊長與喜助夜一離開屍魂界，追憶篇結束後，在現世被十三隊阻擋的破面與十三隊展開正面衝突。
黑崎一護在虛夜宮中正面對上了No.4烏爾奇奧拉‧西法，陷入苦戰。虛化的黑崎一護不敵兩段刀劍解放的烏爾奇奧拉，胸口被開了一個大洞。但黑崎一護不但沒有死，還完全變成了虛。烏爾奇奧拉的手被改變姿態並且突然擁有強大力量的黑崎一護扯斷，但是烏爾奇奧拉卻能把被扯斷的手給復原，他的能力是可以將腦與內臟外的身體構造進行超速再生，而黑崎一護的力量迫使烏爾奇奧拉使用「雷霆之槍」，卻被黑崎一護以單手就擋下，最後烏爾奇奧拉被黑崎一護近距離的虛閃攻擊打倒。
石田前來阻止了黑崎的攻擊,但卻被失控的黑崎用刀刺到了他,還聚集著虛閃準備攻擊石田,但烏爾奇奧拉突然出來把黑崎聚集著虛閃的角砍下來，此時一護才恢復原狀，但是隨後烏爾奇奧拉卻因為內臟的破裂、灰飛湮滅。
此時才論到了現世篇，對戰NO.3赫麗貝爾的日番谷冬獅郎取得暫時的勝利。同時碎蜂對抗NO.2的拜勒崗·魯伊森邦而陷入苦戰，被對方「老化」能力侵蝕被迫失去了一隻手的碎蜂發動了卍解「雀蜂雷公鞭」。此時NO.1史塔克與莉莉妮特發動了歸刃，二人的能力是無限虛閃，春水險些不敵，浮竹出戰、但雙魚理的能力被識破，這時[來源請求]黑腔打開，走出一名破面少年汪達懷斯和一隻超巨型單眼怪物出現，眾人驚訝時、汪達懷斯迅速出手貫穿了浮竹，春水再次被史塔克擊中，兩人墜落。狛村隊長認出那隻怪物正是當年藍染升天時迎接他的龐然大物。當它吹散煙霧，眾人眼前出現了還活的好好的NO.2、3，以及藍染三人。就在護庭十三隊陷入絕望之時，援軍出現了——假面軍團!
假面軍團之首的平子真子回答總隊長說我們不是你們的人而是藍染的敵人，是黑崎一護的夥伴，此時超巨型單眼怪物重口中吐出了無數基里安，假面軍團的人一個個虛化，迎接戰鬥....
迎接戰鬥的假面軍團，各各發揮實力，瞬間秒殺基里安，讓護庭十三隊的所有人非常驚訝，此時平子在跟藍染對話完後拔下面具，說要終結戰鬥，並且持刀劈向藍染，但是卻被東仙給砍傷，東仙要再次砍他卻被泊村給擋下，很快的那個單眼怪物也被白打死了，此時儈佐木與狛村即將跟東仙決戰。同時日世里，莉紗與日番谷冬獅郎對決NO.3赫麗貝爾。鉢玄與碎蜂,大前田對決NO.2拜勒崗。愛川羅武與樓十郎對決NO.1史塔克·····
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